BERT-модель для предсказания замаскированных аминокислот и классификации последовательностей T-клеточных рецепторов по антигенам.
1 189скачиваний за 30 дней6лайковвеса обновлены22 ноя 2021
Бенчмарки
Как модель справилась с задачами пользователей ailist и что о ней публикуют открытые лидерборды
Публичные оценки
Из открытых лидербордов. Сравнивайте результаты одного теста при одинаковых условиях — отсутствие оценки не значит, что модель хуже.
В подключённых источниках результатов для этой модели пока нет.
Что умеет модель
Описание составлено по карточке модели и метаданным Hugging Face
wukevin/tcr-bert — модель на базе архитектуры BERT для анализа последовательностей T-клеточных рецепторов. Разработчик описывает её как трансформерную модель, обученную предсказывать замаскированные аминокислоты и классифицировать последовательности по меткам антигенов из PIRD. Модель предназначена для исследовательского анализа связывания TCR с антигенами; в примерах приведены последовательности, связанные с антигенами цитомегаловируса и гриппа.
Модель содержит около 70,8 млн параметров, принимает последовательности длиной до 64 токенов и доступна в формате PyTorch. Её применение ориентировано на биологические последовательности, а не на обычный текст. В предоставленной карточке не указаны лицензия и результаты оценки качества, поэтому условия использования и точность предсказаний по этим данным установить нельзя.
Сценарии применения
классификация последовательностей T-клеточных рецепторов по антигенам
анализ возможного связывания TCR с антигенами цитомегаловируса
анализ возможного связывания TCR с антигенами гриппа
предсказание замаскированных аминокислот в последовательностях TCR
Ограничения
Контекст ограничен 64 токенами. В предоставленных материалах нет результатов оценки точности и сведений о лицензии; предсказания связывания следует считать модельными оценками.
Для каких профессий подходит3
Разделы каталога профессий, в задачах которых используется эта модель