/ Модель

Характеристики

Контекст
64 токена
Параметры
70,8 млн
Архитектура
bert · dense

tcr-bert

Классификация текстаТекст → label3 профессии

BERT-модель для предсказания замаскированных аминокислот и классификации последовательностей T-клеточных рецепторов по антигенам.

1 189скачиваний за 30 дней6лайковвеса обновлены22 ноя 2021

Бенчмарки

Как модель справилась с задачами пользователей ailist и что о ней публикуют открытые лидерборды

Публичные оценки

Из открытых лидербордов. Сравнивайте результаты одного теста при одинаковых условиях — отсутствие оценки не значит, что модель хуже.

В подключённых источниках результатов для этой модели пока нет.

Что умеет модель

Описание составлено по карточке модели и метаданным Hugging Face

wukevin/tcr-bert — модель на базе архитектуры BERT для анализа последовательностей T-клеточных рецепторов. Разработчик описывает её как трансформерную модель, обученную предсказывать замаскированные аминокислоты и классифицировать последовательности по меткам антигенов из PIRD. Модель предназначена для исследовательского анализа связывания TCR с антигенами; в примерах приведены последовательности, связанные с антигенами цитомегаловируса и гриппа.

Модель содержит около 70,8 млн параметров, принимает последовательности длиной до 64 токенов и доступна в формате PyTorch. Её применение ориентировано на биологические последовательности, а не на обычный текст. В предоставленной карточке не указаны лицензия и результаты оценки качества, поэтому условия использования и точность предсказаний по этим данным установить нельзя.

Сценарии применения

  • классификация последовательностей T-клеточных рецепторов по антигенам
  • анализ возможного связывания TCR с антигенами цитомегаловируса
  • анализ возможного связывания TCR с антигенами гриппа
  • предсказание замаскированных аминокислот в последовательностях TCR

Ограничения

Контекст ограничен 64 токенами. В предоставленных материалах нет результатов оценки точности и сведений о лицензии; предсказания связывания следует считать модельными оценками.

Для каких профессий подходит3

Разделы каталога профессий, в задачах которых используется эта модель

Все профессии

Карточка модели

README от автора на Hugging Face, как он его опубликовал

Открыть на Hugging Face

TCR transformer model

See our full codebase and our preprint for more information.

This model is on:

  • Masked language modeling (masked amino acid or MAA modeling)
  • Classification across antigen labels from PIRD

If you are looking for a model trained only on MAA, please see our other model.

Example inputs:

  • C A S S P V T G G I Y G Y T F (binds to NLVPMVATV CMV antigen)
  • C A T S G R A G V E Q F F (binds to GILGFVFTL flu antigen)

Как запустить

На своей GPU в ailist. Цена — по текущим предложениям провайдеров

GPU в ailist

Универсальный рантайм · text-classification

Можно запустить

Подбираем GPU…

Класс архитектуры
BertForSequenceClassification
Ревизия весов
ef65ddc

0 моделей