/ Модель

Характеристики

Контекст
512 токенов
Параметры
149 млн
Архитектура
modernbert · dense
Базовая модель
ModernBERT-base
Библиотека
sentence-transformers
Опубликована
22 дек 2024

modernbert-pubmed-v0.1

ЭмбеддингиТекст → embedding7 профессий

Англоязычная модель на базе ModernBERT, которая преобразует предложения и абзацы в векторы для семантического поиска и сравнения текстов.

76скачиваний за 30 дней0лайковвеса обновлены22 дек 2024

Бенчмарки

Как модель справилась с задачами пользователей ailist и что о ней публикуют открытые лидерборды

Тесты пользователейпока нет

Никто ещё не опубликовал тест этой модели. Соберите бенчмарк из своих задач — результат появится здесь.

  1. Добавьте модель в бенчмарк

    Вместе с другими моделями категории «Эмбеддинги» — сравнение идёт внутри одной категории.

  2. Опишите свои задачи

    Напишите запросы, при необходимости приложите файлы и эталонные ответы.

  3. Запустите и опубликуйте

    Модели ответят на каждую задачу, судья оценит ответы. Опубликованный результат появится на этой странице.

Публичные оценки

Из открытых лидербордов. Сравнивайте результаты одного теста при одинаковых условиях — отсутствие оценки не значит, что модель хуже.

В подключённых источниках результатов для этой модели пока нет.

Что умеет модель

Описание составлено по карточке модели и метаданным Hugging Face

wwydmanski/modernbert-pubmed-v0.1 — англоязычная Sentence Transformer модель, дообученная разработчиком на базе answerdotai/ModernBERT-base на наборе пар и троек текстов из 10 053 примеров. Она кодирует предложения и абзацы в плотные векторы размерности 768 для сравнения семантической близости по косинусному сходству. Модель предназначена для семантического поиска и сопоставления текстов, включая поиск похожих публикаций и документов PubMed, извлечение перефразировок и кластеризацию. Также полученные векторы можно использовать в классификации текста.

Архитектура состоит из ModernBERT и среднего объединения токенных представлений; максимальная длина входа — 512 токенов. В README приведена точность cosine_accuracy 0,887 на triplet-dev, однако подробностей о протоколе оценки нет. В метаданных указана лицензия? Нет сведений о лицензии, поэтому условия использования по лицензии определить нельзя.

Сценарии применения

  • семантический поиск похожих научных публикаций
  • ранжирование документов по смысловой близости к запросу
  • поиск перефразировок и похожих формулировок
  • кластеризация научных текстов по темам
  • подготовка векторов текстов для классификации

Ограничения

Максимальная длина входа составляет 512 токенов; длинные тексты нужно сокращать или разбивать на фрагменты. Оценка в README приведена только для triplet-dev, поэтому качество на других наборах и задачах не установлено.

Для каких профессий подходит7

Разделы каталога профессий, в задачах которых используется эта модель

Все профессии

Также подходит для

Карточка модели

README от автора на Hugging Face, как он его опубликовал

Открыть на Hugging Face

SentenceTransformer based on answerdotai/ModernBERT-base

This is a sentence-transformers model finetuned from answerdotai/ModernBERT-base on the json dataset. It maps sentences & paragraphs to a 768-dimensional dense vector space and can be used for semantic textual similarity, semantic search, paraphrase mining, text classification, clustering, and more.

Model Details

Model Description

  • Model Type: Sentence Transformer
  • Base model: answerdotai/ModernBERT-base
  • Maximum Sequence Length: 512 tokens
  • Output Dimensionality: 768 dimensions
  • Similarity Function: Cosine Similarity
  • Training Dataset:
    • json

Model Sources

Full Model Architecture

SentenceTransformer(
  (0): Transformer({'max_seq_length': 512, 'do_lower_case': False}) with Transformer model: ModernBertModel 
  (1): Pooling({'word_embedding_dimension': 768, 'pooling_mode_cls_token': False, 'pooling_mode_mean_tokens': True, 'pooling_mode_max_tokens': False, 'pooling_mode_mean_sqrt_len_tokens': False, 'pooling_mode_weightedmean_tokens': False, 'pooling_mode_lasttoken': False, 'include_prompt': True})
)

Usage

Direct Usage (Sentence Transformers)

First install the Sentence Transformers library:

pip install -U sentence-transformers

Then you can load this model and run inference.

from sentence_transformers import SentenceTransformer

# Download from the 🤗 Hub
model = SentenceTransformer("sentence_transformers_model_id")
# Run inference
sentences = [
    'EHL tendon reconstruction',
    'A Combined Surgical Approach for Extensor Hallucis Longus Reconstruction: Two Case Reports. ',
    'Flexor tendon reconstruction. ',
]
embeddings = model.encode(sentences)
print(embeddings.shape)
# [3, 768]

# Get the similarity scores for the embeddings
similarities = model.similarity(embeddings, embeddings)
print(similarities.shape)
# [3, 3]

Evaluation

Metrics

Triplet

MetricValue
cosine_accuracy0.887

Training Details

Training Dataset

json

  • Dataset: json
  • Size: 10,053 training samples
  • Columns: anchor, positive, and negative
  • Approximate statistics based on the first 1000 samples:
    anchorpositivenegative
    typestringstringstring
    detailsmin: 4 tokensmean: 8.86 tokensmax: 34 tokensmin: 4 tokensmean: 21.84 tokensmax: 62 tokensmin: 3 tokensmean: 13.65 tokensmax: 50 tokens
  • Samples:
    anchorpositivenegative
    COM-induced secretome changes in U937 monocytesCharacterization of calcium oxalate crystal-induced changes in the secretome of U937 human monocytes. Monocytes.
    MetamaterialsSound attenuation optimization using metaporous materials tuned on exceptional points. Metamaterials: A cat's eye for all directions.
    Pediatric ParasitologyParasitic infections among school age children 6 to 11-years-of-age in the Eastern province. [DIALOGUE ON PEDIATRIC PARASITOLOGY].
  • Loss: MultipleNegativesRankingLoss with these parameters:
    {
        "scale": 20.0,
        "similarity_fct": "cos_sim"
    }
    

Training Hyperparameters

Non-Default Hyperparameters

  • eval_strategy: steps
  • per_device_train_batch_size: 64
  • per_device_eval_batch_size: 64
  • learning_rate: 0.0002
  • num_train_epochs: 2
  • lr_scheduler_type: cosine_with_restarts
  • warmup_ratio: 0.1
  • bf16: True
  • batch_sampler: no_duplicates

All Hyperparameters

  • overwrite_output_dir: False
  • do_predict: False
  • eval_strategy: steps
  • prediction_loss_only: True
  • per_device_train_batch_size: 64
  • per_device_eval_batch_size: 64
  • per_gpu_train_batch_size: None
  • per_gpu_eval_batch_size: None
  • gradient_accumulation_steps: 1
  • eval_accumulation_steps: None
  • torch_empty_cache_steps: None
  • learning_rate: 0.0002
  • weight_decay: 0.0
  • adam_beta1: 0.9
  • adam_beta2: 0.999
  • adam_epsilon: 1e-08
  • max_grad_norm: 1.0
  • num_train_epochs: 2
  • max_steps: -1
  • lr_scheduler_type: cosine_with_restarts
  • lr_scheduler_kwargs: {}
  • warmup_ratio: 0.1
  • warmup_steps: 0
  • log_level: passive
  • log_level_replica: warning
  • log_on_each_node: True
  • logging_nan_inf_filter: True
  • save_safetensors: True
  • save_on_each_node: False
  • save_only_model: False
  • restore_callback_states_from_checkpoint: False
  • no_cuda: False
  • use_cpu: False
  • use_mps_device: False
  • seed: 42
  • data_seed: None
  • jit_mode_eval: False
  • use_ipex: False
  • bf16: True
  • fp16: False
  • fp16_opt_level: O1
  • half_precision_backend: auto
  • bf16_full_eval: False
  • fp16_full_eval: False
  • tf32: None
  • local_rank: 0
  • ddp_backend: None
  • tpu_num_cores: None
  • tpu_metrics_debug: False
  • debug: []
  • dataloader_drop_last: False
  • dataloader_num_workers: 0
  • dataloader_prefetch_factor: None
  • past_index: -1
  • disable_tqdm: False
  • remove_unused_columns: True
  • label_names: None
  • load_best_model_at_end: False
  • ignore_data_skip: False
  • fsdp: []
  • fsdp_min_num_params: 0
  • fsdp_config: {'min_num_params': 0, 'xla': False, 'xla_fsdp_v2': False, 'xla_fsdp_grad_ckpt': False}
  • fsdp_transformer_layer_cls_to_wrap: None
  • accelerator_config: {'split_batches': False, 'dispatch_batches': None, 'even_batches': True, 'use_seedable_sampler': True, 'non_blocking': False, 'gradient_accumulation_kwargs': None}
  • deepspeed: None
  • label_smoothing_factor: 0.0
  • optim: adamw_torch
  • optim_args: None
  • adafactor: False
  • group_by_length: False
  • length_column_name: length
  • ddp_find_unused_parameters: None
  • ddp_bucket_cap_mb: None
  • ddp_broadcast_buffers: False
  • dataloader_pin_memory: True
  • dataloader_persistent_workers: False
  • skip_memory_metrics: True
  • use_legacy_prediction_loop: False
  • push_to_hub: False
  • resume_from_checkpoint: None
  • hub_model_id: None
  • hub_strategy: every_save
  • hub_private_repo: None
  • hub_always_push: False
  • gradient_checkpointing: False
  • gradient_checkpointing_kwargs: None
  • include_inputs_for_metrics: False
  • include_for_metrics: []
  • eval_do_concat_batches: True
  • fp16_backend: auto
  • push_to_hub_model_id: None
  • push_to_hub_organization: None
  • mp_parameters:
  • auto_find_batch_size: False
  • full_determinism: False
  • torchdynamo: None
  • ray_scope: last
  • ddp_timeout: 1800
  • torch_compile: False
  • torch_compile_backend: None
  • torch_compile_mode: None
  • dispatch_batches: None
  • split_batches: None
  • include_tokens_per_second: False
  • include_num_input_tokens_seen: False
  • neftune_noise_alpha: None
  • optim_target_modules: None
  • batch_eval_metrics: False
  • eval_on_start: False
  • use_liger_kernel: False
  • eval_use_gather_object: False
  • average_tokens_across_devices: False
  • prompts: None
  • batch_sampler: no_duplicates
  • multi_dataset_batch_sampler: proportional

Training Logs

EpochStepTraining Losstriplet-dev_cosine_accuracy
00-0.457
0.018915.2934-
0.037725.2413-
0.056634.9969-
0.075544.5579-
0.094353.9145-
0.113263.3775-
0.132172.8787-
0.150983.0147-
0.169892.7166-
0.1887102.7875-
0.2075112.3848-
0.2264122.1921-
0.2453131.7009-
0.2642141.7649-
0.2830151.7948-
0.3019161.5384-
0.3208171.6039-
0.3396181.3364-
0.3585191.3852-
0.3774201.2427-
0.3962211.3216-
0.4151221.4202-
0.4340231.2754-
0.4528241.281-
0.4717251.17090.815
0.4906261.2363-
0.5094271.2169-
0.5283281.1495-
0.5472291.0066-
0.5660301.0478-
0.5849311.1511-
0.6038320.9992-
0.6226331.095-
0.6415341.1699-
0.6604350.9866-
0.6792361.1303-
0.6981371.1126-
0.7170380.889-
0.7358391.0355-
0.7547401.0129-
0.7736411.118-
0.7925420.8494-
0.8113431.0829-
0.8302440.8751-
0.8491450.8115-
0.8679460.8579-
0.8868471.1111-
0.9057480.9032-
0.9245491.0394-
0.9434500.96910.862
0.9623511.023-
0.9811520.9465-
1.0530.6713-
1.0189540.9773-
1.0377550.8693-
1.0566560.7187-
1.0755570.805-
1.0943580.728-
1.1132591.0967-
1.1321600.7036-
1.1509610.8213-
1.1698620.57-
1.1887630.7006-
1.2075640.5091-
1.2264650.5758-
1.2453660.4484-
1.2642670.397-
1.2830680.6172-
1.3019690.513-
1.3208700.4447-
1.3396710.3205-
1.3585720.5881-
1.3774730.2543-
1.3962740.3648-
1.4151750.48490.876
1.4340760.3455-
1.4528770.3424-
1.4717780.224-
1.4906790.18-
1.5094800.2255-
1.5283810.3024-
1.5472820.1835-
1.5660830.1946-
1.5849840.1958-
1.6038850.1568-
1.6226860.1626-
1.6415870.1774-
1.6604880.1934-
1.6792890.2426-
1.6981900.2958-
1.7170910.1606-
1.7358920.2281-
1.7547930.1786-
1.7736940.2241-
1.7925950.1909-
1.8113960.236-
1.8302970.1332-
1.8491980.1247-
1.8679990.156-
1.88681000.21520.889
1.90571010.1549-
1.92451020.2226-
1.94341030.21-
1.96231040.2139-
1.98111050.1864-
2.01060.07190.887

Framework Versions

  • Python: 3.12.3
  • Sentence Transformers: 3.3.1
  • Transformers: 4.48.0.dev0
  • PyTorch: 2.5.1
  • Accelerate: 1.2.1
  • Datasets: 3.2.0
  • Tokenizers: 0.21.0

Citation

BibTeX

Sentence Transformers

@inproceedings{reimers-2019-sentence-bert,
    title = "Sentence-BERT: Sentence Embeddings using Siamese BERT-Networks",
    author = "Reimers, Nils and Gurevych, Iryna",
    booktitle = "Proceedings of the 2019 Conference on Empirical Methods in Natural Language Processing",
    month = "11",
    year = "2019",
    publisher = "Association for Computational Linguistics",
    url = "https://arxiv.org/abs/1908.10084",
}

MultipleNegativesRankingLoss

@misc{henderson2017efficient,
    title={Efficient Natural Language Response Suggestion for Smart Reply},
    author={Matthew Henderson and Rami Al-Rfou and Brian Strope and Yun-hsuan Sung and Laszlo Lukacs and Ruiqi Guo and Sanjiv Kumar and Balint Miklos and Ray Kurzweil},
    year={2017},
    eprint={1705.00652},
    archivePrefix={arXiv},
    primaryClass={cs.CL}
}

Как запустить

На своей GPU в ailist. Цена — по текущим предложениям провайдеров

GPU в ailist

Универсальный рантайм · sentence-transformers

Можно запустить

Подбираем GPU…

Класс архитектуры
ModernBertModel
Ревизия весов
b76c740

0 моделей