BiomedBERT — англоязычная BERT-модель, обученная на биомедицинских публикациях для предсказания пропущенных слов и адаптации к задачам NLP в медицинской литературе.

Подходит для: предсказание пропущенных слов в биомедицинских текстах · подготовка языковых признаков для медицинской литературы · дообучение для классификации аннотаций PubMed

Англоязычная BERT-модель Microsoft, обученная на аннотациях PubMed для заполнения пропусков и поддержки задач биомедицинского NLP.

Подходит для: заполнение пропущенных слов в биомедицинских текстах · адаптация кода BERT для биомедицинского NLP · подготовка модели для извлечения информации из аннотаций PubMed

Дообученная BERT-модель для выделения белков, ДНК, РНК, клеточных линий и типов клеток в англоязычных биомедицинских текстах.

Подходит для: извлечение белков и генетических сущностей из научных аннотаций · поиск ДНК и РНК в биомедицинских публикациях · разметка клеточных линий и типов клеток в текстах

BioBERT-Base v1.2 — англоязычная BERT-модель для биомедицинских текстов, предназначенная прежде всего для предсказания замаскированных токенов и использования в качестве основы для специализированных задач.

Подходит для: предсказание пропущенных слов в биомедицинских текстах · исследование языковых представлений биомедицинской литературы · дообучение на распознавание биомедицинских сущностей

Дообученная модель классификации токенов для извлечения названий видов и организмов из биомедицинских текстов.

Подходит для: извлечение названий видов из научных статей · распознавание организмов в биомедицинских документах · индексация упоминаний видов в научной литературе

Дообученная на JNLPBA модель GLiNER для zero-shot распознавания белков, ДНК, РНК и клеточных сущностей в биомедицинских текстах.

Подходит для: извлечение белков и генов из биомедицинских аннотаций · поиск ДНК и РНК в научных статьях · распознавание клеточных линий и типов клеток

BPE-only RNA-BERT — BERT-энкодер для заполнения масок и получения представлений последовательностей РНК.

Подходит для: заполнение замаскированных токенов в последовательности РНК · получение эмбеддингов последовательностей РНК · сравнение BPE-токенизации с токенизацией по отдельным нуклеотидам в абляционных экспериментах

Англоязычная модель RoBERTa, продолжительно предобученная на научных статьях по биомедицине и предназначенная для настройки под задачи анализа медицинских текстов.

Подходит для: классификация биомедицинских публикаций · извлечение отношений между химическими веществами и белками · распознавание биомедицинских сущностей в научных статьях

Дообученная модель DistilBERT для BIO-разметки белков и связанных сущностей в биомедицинских текстах.

Подходит для: Извлечение белков и белковых комплексов из научных статей · Поиск вариантов белков в биомедицинских документах · Разметка упоминаний белков для анализа молекулярных взаимодействий

Модель OpenMed на базе DeBERTa для извлечения белков и связанных биомедицинских сущностей из английских текстов.

Подходит для: извлечение белков и белковых комплексов из научных статей · поиск вариантов белков в биомедицинских публикациях · разметка сущностей для анализа белок-белковых взаимодействий

Дообученная BERT-модель для извлечения белков и связанных биомедицинских сущностей из англоязычных текстов.

Подходит для: выделение белков и белковых комплексов в научных статьях · извлечение вариантов и семейств белков из биомедицинских текстов · поиск упоминаний белков для анализа молекулярных взаимодействий

Дообученная RoBERTa для извлечения белков, ДНК, РНК, клеточных линий и типов клеток из англоязычных биомедицинских текстов.

Подходит для: извлечение белков и генов из научных аннотаций · распознавание ДНК и РНК в биомедицинской литературе · поиск клеточных линий и типов клеток в публикациях

Дообученная модель DistilBERT для поиска названий видов и организмов в биомедицинских текстах.

Подходит для: извлечение названий видов из научных статей · распознавание организмов в биомедицинских документах · разметка упоминаний видов для таксономического анализа

Дообученная модель XLM-RoBERTa для разметки и извлечения белковых сущностей из биомедицинских текстов.

Подходит для: извлечение названий белков из научных статей · распознавание белковых комплексов и семейств · поиск вариантов белков в биомедицинских текстах

Дообученная модель ModernBERT для выделения белков, ДНК, РНК, клеточных линий и типов клеток в биомедицинских текстах.

Подходит для: извлечение белков и генов из научных публикаций · распознавание ДНК и РНК в биомедицинских текстах · поиск клеточных линий и типов клеток в статьях

Модель OpenMed на базе BERT выделяет названия видов и организмов в биомедицинских текстах с помощью токенной BIO-разметки.

Подходит для: извлечение названий видов из научных аннотаций · поиск упоминаний организмов в биомедицинской литературе · подготовка данных о видах для таксономических баз

Дообученная модель EuroBERT для BIO-разметки белков, ДНК, РНК, клеточных линий и типов клеток в биомедицинских текстах.

Подходит для: извлечение белков из биомедицинских публикаций · поиск упоминаний ДНК и РНК в научных статьях · распознавание типов клеток в аннотациях MEDLINE

Дообученная модель DeBERTa для извлечения белков и связанных биомедицинских сущностей из английских текстов.

Подходит для: извлечение названий белков из научных статей · распознавание белковых комплексов и семейств · поиск вариантов белков в биомедицинской литературе

Белковая модель T5 для извлечения признаков из аминокислотных последовательностей и последующего дообучения на задачах биоинформатики.

Подходит для: извлечение эмбеддингов аминокислотной последовательности · предсказание вторичной структуры белка после дообучения · классификация белков по биофизическим свойствам

Дообученная XLM-RoBERTa для BIO-разметки белков и связанных с ними сущностей в биомедицинских текстах.

Подходит для: извлечение названий белков из научных статей · поиск белковых комплексов и семейств в биомедицинской литературе · выявление вариантов белков в молекулярно-биологических текстах

Дообученная ModernBERT для выделения белков и связанных биомедицинских сущностей в англоязычных текстах.

Подходит для: извлечение названий белков из научных статей · распознавание белковых комплексов и семейств · поиск вариантов белков в биомедицинских текстах

Производная модели buetnlpbio/birna-bert. BERT-энкодер для извлечения нуклеотидных и последовательностных эмбеддингов РНК, также поддерживающий предсказание замаскированных токенов.

Подходит для: получение эмбеддингов последовательностей РНК · получение представлений отдельных нуклеотидов · извлечение признаков РНК для downstream-моделей

Модель RoBERTa для выделения белков и связанных биомедицинских сущностей в научных и медицинских текстах.

Подходит для: выделение белков и белковых комплексов из научных статей · поиск вариантов и семейств белков в биомедицинских текстах · подготовка упоминаний белков для анализа взаимодействий

Модель на базе DistilBERT извлекает упоминания видов и организмов из биомедицинских текстов, присваивая токенам BIO-метки.

Подходит для: извлечение названий видов из биомедицинских статей · поиск организмов в научной литературе · таксономический анализ упоминаний организмов