SaProt 1.3B AF2 — модель ESM для анализа белковых последовательностей и предсказания эффектов их вариантов.
Как модель справилась с задачами пользователей ailist и что о ней публикуют открытые лидерборды
Из открытых лидербордов. Сравнивайте результаты одного теста при одинаковых условиях — отсутствие оценки не значит, что модель хуже.
В подключённых источниках результатов для этой модели пока нет.
Описание составлено по карточке модели и метаданным Hugging Face
SaProt 1.3B AF2 — модель семейства ESM для работы с белковыми последовательностями, представленная репозиторием westlake-repl. В README указана версия SaProt на 1,3 млрд параметров; метаданные репозитория указывают 1,7 млрд параметров, архитектуру EsmForMaskedLM и контекст длиной 1026 токенов. Модель доступна в формате PyTorch и предназначена для предсказания свойств белков и оценки эффектов вариантов последовательностей.
В README приведены результаты на ClinVar, ProteinGym и Mega-scale, сопоставимые с SaProt 650M; это указывает на применение в анализе вариантов и задачах предсказания эффектов мутаций. Лицензия — MIT. Карточка не описывает конкретные ограничения или подробности входного представления.
В README отмечено, что увеличение размера с 650 млн до 1,3 млрд параметров не дало заметного прироста качества. Метрики приведены только для нескольких бенчмарков и не гарантируют качество на других задачах.
Разделы каталога профессий, в задачах которых используется эта модель
README от автора на Hugging Face, как он его опубликовал
We trained a 1.3B parameter version of SaProt. Results showed on par performance between SaProt 1.3B and 650M, suggesting that increasing model size alone may not significantly improve performance. We welcome more evaluations by the community.
| model | ClinVar | ProteinGym | Mega-scale |
|---|---|---|---|
| AUC | Spearman's ρ | Spearman's ρ | |
| SaProt (650M) | 0.909 | 0.457 | 0.574 |
| SaProt (1.3B) | 0.910 | 0.460 | 0.588 |
На своей GPU в ailist. Цена — по текущим предложениям провайдеров
GPU в ailist
Универсальный рантайм · fill-mask
Подбираем GPU…